Сколько в России омикрона и как быстро он распространяется? Вы не поверите, но до сих пор этого никто не знает

Вариант SARS-CoV-2 омикрон (он же BA.1 и BA.2) был впервые обнаружен в ЮАР 23 ноября 2021 года исследователями из группы Тулио де Оливейра. Уже к концу ноября омикрон вытеснил в Южной Африке вариант дельта. К концу декабря то же самое произошло как минимум в Великобритании, США и Дании — странах, которые ведут активный генетический мониторинг инфекций. Какова при этом доля омикрона в России, мы не знаем — Роспотребнадзор, в обязанности которого входит такой мониторинг, не публикует эту информацию в своих сводках и практически не выкладывает ее в международные генетические базы. Если же ориентироваться на последние, то может показаться, что омикрон в России отвечает уже за треть случаев заражений, что, к счастью, на самом деле пока не так.

Омикрон точно есть в России и почти наверняка — уже не «завозной».

Официально о том, что в России впервые найден новый вариант коронавируса стало известно 6 декабря. Инфицирование омикроном выявили специалисты ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора у граждан, прилетевших из ЮАР. Спустя две недели, 22 декабря, глава Роспотребнадзора Анна Попова на заседании координационного совета по борьбе с COVID-19 заявила, что в России выявили уже 41 случай заражения вариантом коронавируса омикрон, но не уточнила при этом, о каких случаях идет речь: «завозных» или инфекциях, передающихся на терртории страны. О том, что омикрон все-таки распространяется в России локально, а не исключительно привозится из-за границы, однозначно заявил Михаил Мурашко 25 декабря, но тут же был поправлен собственной пресс-службой — последняя утверждала, что все случаи заражения штаммом омикрон на территории России — «завозные». «Иных случаев заболевания на территории РФ, вызванного указанным штаммом, на данный момент не выявлено», — цитировало РИА Новости сообщение пресс-службы. А уже 6 января Мурашко снова подтвердил, что речь идет именно о локальной передачи инфекции.

Как бы ни менялись показания медицинских чиновников, есть вполне объективные причины полагать, что омикрон уже давно распространяется по России локально, а не в форме единичных завозов:

• В Россию можно прилететь из стран, где омикрон отвечает за львиную долю инфекций: США, Великобритании, Дании, ЮАР — напрямую или через третьи страны. Около половины инфекций передаются бессимптомными носителями, поэтому существующий в России мониторинг не способен выявлять значительную долю заразных людей. В отличие от Китая, Австралии, Новой Зеландии и других стран, которые проводят политику «нулевого ковида», прибывающие путешественники в России не обязаны находиться на карантине.
• Уровень генетического мониторинга инфекций в России настолько низкий, что позволяет фиксировать распространение вариантов только на поздней стадии, когда они уже составляют значительную долю от всех инфекций. Это определяется простой зависимостью: чем меньше доля варианта (например, на раннем этапе его распространения), тем больше нужно прочитать последовательностей, чтобы его обнаружить. К примеру, из ЮАР за все время в международную базы GISAID поступило 25 тысяч геномов, из Дании — 287 тысяч. В России число прочитанных геномов не достигает и 12 тысяч, только 93 из них относятся к омикрону.
• В декабре омикрон фиксировали в России как минимум в трех разных городах: Ростове-на-Дону, Москве и Санкт-Петербурге.
• По крайней мере в Санкт-Петербурге речь идет о масштабной вспышке с локальным заражением — омикрон распространился на территории общежития Политехнического университета (1,2). Точное число зараженных не публиковалось, но только число прочитанных геномов у разных инфицированных составило в результате несколько десятков (93 последовательности на 24 декабря). Число инфицированных, таким образом, может измеряться сотнями .

В международных базах треть новых геномов из России — это омикрон. Но сколько его на самом деле в России, мы не знаем

Главная международная база последовательностей геномов SARS-CoV-2 курируется консорциумом GISAID. Национальные исследовательские организации отправляют в эту базу свои последовательности, которые не доступны публично, но агрегируются несколькими другими проектами, которые анализируют тренды распространения вариантов в разных странах. Например, за распространением вариантов можно следить в отчетах Outbreak.info и CoVariants.

Основываясь на этих отчетах можно сделать вывод, что доля омикрона в России уже составляет 32% или даже выше (например, 42% указывается в таблицах здесь). Это, однако, не соответствует реальной ситуации — дело в том, что подавляющая часть депонированных из России последовательностей в последний месяц приходится на единственный город, точнее на единственную вспышку — ту самую, что произошла в общежитии Политехнического университета в Петербурге. Из-за отсутствия последовательностей геномов из других регионов, выборка из России оказывается крайне смещенной и нерепрезентативной.

В результате, даже примерно оценить долю омикрона на начало 2022 года оказывается невозможно: она находится где-то в диапазоне между долями процента и теми 32% по искаженной выборке в Петербурге. Установить истинную долю нового варианта в оперативном режиме станет возможным только после того, как Роспотребнадзор примет решение масштабировать геномный мониторинг и депонировать прочитанные последовательности в международные базы данных, как это делают медицинские ведомства подавляющего большинства стран.