Перейти к материалам
Ученые Центра инноваций и реагирования на эпидемии провинции Квазулу-Натал в ЮАР
разбор

Кажется, появился новый вариант коронавируса, способный бросить вызов даже дельте. Его хотели назвать «ню», но сейчас уже не до смеха Вот что известно о варианте с итоговым названием «омикрон»

Источник: Meduza
Ученые Центра инноваций и реагирования на эпидемии провинции Квазулу-Натал в ЮАР
Ученые Центра инноваций и реагирования на эпидемии провинции Квазулу-Натал в ЮАР
EyePress / AFP / Scanpix / LETA

Что происходит в ЮАР

Ученые из Южной Африки обнаружили новый вариант коронавируса, получивший техническое наименование B.1.1.529. На данный момент он зафиксирован у жителей ЮАР и Ботсваны, а также у прибывших из Африки путешественников в Гонконге, Израиле и Бельгии.

Фактически все данные, известные об этом варианте на данный момент, представил вчера вечером на экстренном онлайн-брифинге министр здравоохранения ЮАР Джо Фаала совместно с эпидемиологами Тулио де Оливейрой и Ричардом Лесселзом. С полной записью брифинга можно ознакомиться ниже.

Полная запись брифинга Минздрава ЮАР и эпидемиологов Тулио де Оливейры и Ричарда Лесселза по варианту B.1.1.529
News24

Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) созвала в пятницу экстренное совещание для обсуждения нового штамма. Ожидалось, что этот вариант B.1.1.529 будет классифицирован как «вариант, представляющий интерес» и ему будет присвоено название ню (ν) на основе греческого алфавита, но в итоге для названия была выбрана буква омикрон (ο).

Что известно о варианте B.1.1.529

Информация, которая имеется на сегодня по варианту омикрон пока очень предварительная. Сразу следует сказать, что еще нет никаких прямых данных, измеренных в ходе экспериментов или наблюдений: ни по заразности, ни по способности обходить вакцинный иммунитет, ни, тем более, по тяжести вызываемого заболевания.

Само существование этого нового варианта было зафиксировано учеными из Национального института инфекционных заболеваний ЮАР (NICD) только во вторник, 23 ноября. Следующий день ушел на анализ данных, а уже к вечеру 25 ноября стало ясно, что ситуация требует срочного внимания ВОЗ и ученых.

На данный момент фактически известны только:

  • набор характерных для варианта мутаций;
  • первые последовательности генома (около 80 штук были прочитаны на момент доклада, еще сотни — в процессе чтения);
  • проанализированы данные о распространении варианта в нескольких районах ЮАР.

Тем не менее даже эти предварительные данные в сочетании друг с другом и с тем, что известно о роли соответствующих мутаций в других вариантах, выглядят тревожно.

Мутации

Новый вариант несет необычно высокое число мутаций: около 50 в целом геноме, из которых 35 попадают в S-белок, а 10 из них попадают в ту его часть, которая непосредственно контактирует с рецептором ACE2 на поверхности человеческих клеток (RBM). Для сравнения: вариант бета несет в том же последнем участке всего три мутации, дельта — две. Это означает, что новый вариант омикрон может быть:

  • потенциально более заразным, чем аналоги;
  • потенциально способным уходить от действия нейтрализующих антител, «нацеленных» на исходный вариант S-белка, используемый в вакцинах.
Схема расположения характерных мутаций в геноме варианта омикрон

К сожалению, возможность ученых предсказывать свойства вируса просто по мутациям в геноме очень ограничены (и преувеличены). Как сказано выше, прямых данных из лабораторий, где можно было бы измерить силу связывания варианта омикрон с антителами, пока нет. Присутствие же большого числа мутаций в геноме любого нового варианта само по себе, без лабораторных данных и данных о распространении вируса, ни о чем однозначно не говорит.

Но если результатов из лабораторий пока действительно нет, то данные о распространении вируса уже есть — и они тревожные.

Рост на фоне дельты

Основным вариантом, распространявшимся на территории ЮАР в конце 2020 — начале 2021 года, был вариант бета, ранее известный как «южноафриканский». Этот вариант известен тем, что он лучше всех остальных уходит от вакцинного иммунитета, но при этом не обладает повышенной заразностью. В середине 2021 года в большинстве стран мира существующие варианты начали массово вытесняться более заразным вариантом дельта, и то же самое произошло в ЮАР — к началу лета почти вся бета была вытеснена в стране дельтой. Казалось, что возникновение на этом фоне более заразных вариантов, тем более не имеющих отношения к дельте, как омикрон, практически невозможно. Новые данные говорят о том, что, похоже, именно это и произошло.

В середине ноября на фоне очень низкой общей заболеваемости в ЮАР Тулио де Оливейра и коллеги из NICD заметили небольшую вспышку заболеваемости, начавшуюся в провинции Гаутенг (в нее входит Йоханнесбург и другие урбанизированные районы). Природа вспышки заинтересовала исследователей, они занялись секвенированием геномов вируса, и оказалось, что практически все прочитанные в провинции последовательности — это новый, ранее неизвестный вариант.

Если построить график долей всех вариантов в ЮАР от общего числа прочитанных последовательностей, то окажется, что новый вариант фактически вытеснил дельту. Немного обнадеживает, что к этому графику нужно относиться максимально осторожно, так как доли вариантов в данном случае рассчитываются от очень небольшого общего числа прочитанных последовательностей, а выборка очень сильно смещена в сторону одной лишь провинции Гаутенг.

Инфографика долей и абсолютного числа выявленных инфекций разных вариантов коронавируса в ЮАР

В своем докладе Тулио де Оливейра приводит еще один набор данных (помимо секвенирования), уже по остальным провинциям ЮАР, и они более убедительны — это данные ПЦР-тестов. Судя по ним, распространение варианта омикрон началось в ЮАР еще в начале ноября и происходит — что важно — одновременно в разных провинциях. Согласно анализу результатов ПЦР, общее число выявленных инфекций в ЮАР растет не очень значительно (относительно мощной предыдущей «дельта-волны»), но почти все они представляют собой заражения вариантом омикрон.

Разве можно узнать вариант коронавируса по ПЦР?

В общем случае установить вариант коронавируса по результатам ПЦР нельзя, для этого нужно прочитать геном и определить набор имеющихся мутаций. Однако в некоторых случаях мутации в варианте попадают на те участки генома, с которыми непосредственно связываются использующиеся в ПЦР затравки ДНК — праймеры. В таком случае праймер как бы «промахивается» и реакция амплификации данного участка ДНК не проходит. Если бы в реакции ПЦР амплифицировался только этот один участок, тест дал бы отрицательный результат. В промышленном лабораторном тестировании на коронавирус, однако, обычно используется несколько участков — в случае используемых в ЮАР и Великобритании тестов TaqPath этих участков три. Так вот, вариант B.1.1.529 (как, например, и вариант альфа) несет в S-белке мутацию, которая «выключает» один из этих участков амплификации, оставляя два других нетронутыми (это делеция в позиции 69–70). В результате даже без секвенирования оказывается возможным определить тип варианта — если ПЦР дает положительный результат по двум участкам и отрицательный по одному, это почти гарантированно означает, что в данном случае человек инфицирован именно мутантным вариантом. Такой результат ПЦР называется S-gene target failure SGTF. Варианты альфа и омикрон отличить таким образом нельзя, но это и не требуется: по данным секвенирования видно, что варианта альфа в ЮАР больше нет.

Какие есть основания для осторожного оптимизма

Прогнозы строить, конечно, рано, но возникновение нового варианта, способного вытеснять из популяции вариант дельта — а он сам по себе чрезвычайно заразен, — это очень тревожная возможность. Тем более когда повышенная заразность сочетается с большим набором мутаций, потенциально способных дать вирусу возможность уходить от иммунитета.

Пока, однако, нельзя назвать то, что B.1.1.529 действительно более заразен, чем дельта, полностью доказанным фактом. Сейчас абсолютное количество зарегистрированных случаев в ЮАР довольно низкое, а значит, очень велика роль случайности, например событий суперраспространения. Возможно, на фоне низкой заболеваемости в стране и низкой доли вакцинированных новый вариант еще не сумел столкнуться с дельтой, которая могла бы «дать ему отпор».

Ситуация еще может быть объяснена случайностью. Такого мнения придерживаются многие эксперты, например известный эпидемиолог Эмма Ходкрофт из Бернского университета.

Откуда взялся новый вариант

Георгий Базыкин

Георгий Базыкин, профессор Сколтеха

Если посмотреть на геном этого нового варианта, то первое, что мы видим, это то, что он не является потомком дельты, от которой все всё это время ждали подвоха. Второе — что он очень сильно отличается от ближайшего известного предка и промежуточных вариантов никто не видел. Третье — что он успел накопить уж очень много мутаций — больше, чем мы ожидали бы увидеть за такое время. 

Эти три факта — основные аргументы за то, что новый вариант появился в результате эволюции в иммуноподавленном пациенте. Последние два факта (длинная эволюционная ветка и отсутствие промежуточных мутаций) очень напоминают историю появления альфы [«британского» штамма]. С дельтой было по-другому — там мутации набирались долго и постепенно. Здесь же мне представляется убедительной гипотеза, что он прятался где-то в пациенте с долгосрочным ковидом. Хотя как на самом деле это было, мы, скорее всего, никогда не узнаем. 

В наборе мутаций, характерных для этого нового варианта, есть целое созвездие всего того, что мы уже видели в других важных вариантах. Про некоторые из мутаций мы знаем, что они изменяют трансмиссивность (заразность) в экспериментах, про другие — что они влияют на «уход» от моноклональных антител [которые хуже с таким мутантным вирусом связываются]. Про то, как эти мутации взаимодействуют друг с другом в этом конкретном сочетании, никто, естественно, не знает. И сейчас, конечно, будут очень важны эксперименты, в котором свойства этого вируса можно будет проверить напрямую, а не угадывать из набора мутаций.

Что будет происходить дальше

Развитие ситуации в ближайшее время представляется очень четко:

  1. За несколько дней появятся данные секвенирования нескольких сотен новых геномов из ЮАР, в том числе из провинций за пределами столицы. Они позволят сказать точно, не объясняется ли наблюдаемый рост доли варианта смещенностью выборки.
  2. На следующей неделе можно ждать лабораторных данных по способности антител вакцинированных и переболевших связывать (то есть останавливать) вирусные частицы нового варианта. Это может быть сделано в ЮАР — на полноценных вирусных частицах, либо в других странах, пока не имеющих доступа к вирусу, — на так называемых псевдовирусных частицах.
  3. Тогда же можно ожидать первые данные о влиянии мутаций на количество вирусных частиц у инфицированных (в мокроте, слюне и т. д.). Их довольно быстро можно получить из знаний о предельном цикле ПЦР. Это будут первые и предварительные сведения, говорящие о заразности, но при этом не зависящие от данных эпидемиологии.
  4. В ближайшие недели за ситуацией будут тщательно следить британские эпидемиологи, которые имеют лучшую в мире систему мониторинга новых вариантов.
  5. Сведения о том, коррелирует ли инфекция новым вариантом с тяжестью заболевания, можно ждать не очень скоро — в течение месяца.

Как страны мира реагируют на новую угрозу

Информация о новом варианте уже привела к введению ограничений на пассажирские перевозки.

Россия с 28 ноября ограничивает въезд иностранцев из ЮАР и нескольких других стран юга Африки, а также из Гонконга из-за нового штамма коронавируса B.1.1.529. Ограничения коснутся как граждан этих стран, так и других иностранцев, которые находились там менее чем за 10 дней до прилета в Россию.

В Великобритании путешественники, возвращающиеся из ЮАР, Ботсваны, Намибии, Зимбабве, Лесото и Эсватини, будут проходить 10-дневный карантин в государственных учреждениях.

Урсула фон дер Ляйен, председатель Европейской комиссии, написала, что она «активирует аварийный тормоз, чтобы остановить авиаперевозки из южноафриканского региона из-за этого варианта».

Израиль также запретил поездки в семь государств юга Африки, включая Южную Африку и Ботсвану; кроме того, израильтяне, возвращающиеся из этих стран, должны будут пройти семидневный карантин и дважды сдать анализы перед выпиской.

«Медуза» работает для вас Нам нужна ваша поддержка

Александр Ершов

Реклама