Госдума РФ лишила Илью Пономарева депутатской неприкосновенности. За такое решение проголосовали 438 депутатов, один высказался против, еще один воздержался.
Пономарев формально входит во фракцию «Справедливая Россия», руководство которой неоднократно обращалось к нему с просьбой сдать депутатский мандат.
Снять неприкосновенность с Ильи Пономарева просила Генпрокуратура, которая добивается привлечения депутата к уголовной ответственности по обвинению в растрате в фонде «Сколково». Между депутатом и фондом были заключены контракты на проведение научно-исследовательских работ и чтение лекций.
Следственный комитет РФ намерен завести на Пономарева уголовное дело за пособничество в растрате 22 миллионов рублей. СК утверждает, что депутат представлял ложные отчеты о своей работе в «Сколково».
Илья Пономарев находится в США. В августе 2013 года суд постановил взыскать с него 2,7 миллиона рублей по иску «Сколково».